一种可用于蛋白质分离的聚合物磁珠制备方法，属于生物医用高分子纳米复合材料技术领域。采用侧链含羧基刚性两亲嵌段共聚物为高分子载体，油溶性超顺磁Fe3O4纳米粒子为内核制备磁性复合微珠，采用微乳液自组装的方法将油溶性超顺磁性纳米粒子包埋在聚合物微球内部，经过溶剂干燥、洗涤、离心分离后得到表面含羧基的聚合物磁珠，再对所得磁性复合微珠的形貌及磁性进行表征，利用磁珠表面羧基偶联抗体，有望实现此类复合微球在细胞及蛋白分离等生物医学领域的应用。本发明合成方法简单，易于操作，且制备得到聚合物微球表面富含羧基，可方便进行后续生物功能化。